O agente secreto E. Burke chega a Wayward Pines com a missão de encontrar dois agentes que desapareceram. Logo ao chegar, sofre um violento acidente e acorda no hospital: sem documentação, sem telemóvel, sem a pasta. À medida que a investigação avança, as dúvidas são numerosas e inquietantes. Burke afasta-se cada vez mais do mundo que pensava conhecer e do homem que pensava ser. Até que esbarra numa dúvida aterradora: será ele capaz de sair dali?