Descrevendo embora uma viagem ao Equador, em busca de uma droga rara usada pelos índios locais (o yage), Queer retrata sobretudo a vida alucinada de William Lee, um americano que habita a Cidade do México, nos anos 40, e da sua atribulada relação homossexual com Eugene Allerton. Com a curiosidade excepcional de constituir uma quase autobiografia, como facilmente se constata pela introdução à obra, onde, com a distância que só o tempo, na realidade, permite (o texto foi escrito anos depois), Burroughs comenta abertamente, e com alguma dose de coragem, o acontecimento que, tendo estado na origem do romance, assombrou e afectou para sempre a sua vida: o tiro que, em Setembro de 1951, matou a sua mulher, Joan, na sequência de um jogo à Guilherme Tell.