Correm tranquilamente os primeiros dias de Junho de 1832 quando um casal desconhecido vem alojar-se numa estalagem da Foz do Douro. Ele é um homem de meia-idade e porte altivo, chamado Sebastião Moncada, e ela, uma mulher mais nova, de olhar assustado e gestos inquietos.
O casal chega rodeado de uma atmosfera de mistério, cuja persistência vai exigir a intervenção da Polícia. Mateus Vilaverde é o oficial da Guarda Real que fica encarregado do caso, mas a sua investigação complica-se extraordinariamente com a chegada do exército liberal de D. Pedro, que, desembarcado nas praias do Mindelo, ocupa a cidade do Porto. É, então, num cenário de guerra que Mateus vai descobrindo a história de Sebastião Moncada. Mas à medida que o vai fazendo vê-se impelido a investigar-se a si próprio e a confrontar-se com os seus afectos, desejos e fantasmas.
Tendo como pano de fundo o Portugal das Guerras Liberais e o estoicismo das gentes do Porto, cercadas durante mais de um ano pelo enorme e impiedoso exército miguelista, O Estranho Caso de Sebastião Moncada é um romance sobre a importância do acaso e das coincidências na vida humana e sobre a coragem necessária para enfrentar e viver as consequências de um grande amor.