Poucos dias antes da invasão dos Complexos da Penha e do Alemão, o tenente do Exército Brasileiro Maurício Gavião descobre que seu melhor amigo, um jornalista que investigava a origem dos ataques do Comando Vermelho no Rio, caiu refém de bandidos que atuam naquela região. Gavião decide, então, reunir um grupo de militares experientes para tentar resgatar o amigo. A empreitada é desastrosa. No entanto, é nesta ação que o tenente se apaixona por uma das principais líderes do tráfico do Complexo da Penha.
A atração proibida entre os dois serve apenas de pano de fundo para uma história cheia de tramas paralelas, que vão se desenvolvendo à medida em que detalhes verdadeiros, nunca antes publicados, da invasão e posterior ocupação destas favelas são expostos de maneira simples e direta.
Comando Verde foi escrito como se fora um roteiro de cinema a quatro mãos por um jornalista com vasta experiência no setor de segurança nacional e internacional e um coronel do Exército Brasileiro. O coronel foi uma das peças-chave da Operação Arcanjo de pacificação e coletou dados durante os seis meses em que viveu no morro.
Com muito humor e recheado de intrigas, traições e sexo, o livro prende a atenção do leitor do início ao fim.